新生儿肠炎的引起原因主要包括感染因素、免疫系统发育不成熟、喂养问题以及肠道外伤等，其中感染是最常见原因。病毒（如轮状病毒、诺如病毒）、细菌（如大肠杆菌、沙门氏菌）及寄生虫等微生物通过不洁奶瓶、母体产道、或环境污染进入新生儿肠道，导致局部炎症。同时，新生儿免疫系统尚未发育完善，抗感染能力较弱，也使他们更容易罹患肠炎。配方奶粉冲调不当、喂奶姿势不正确等也可能增加肠炎的发生风险。
感染因子是核心病因，其中病毒感染最为常见，尤其是轮状病毒，占新生儿肠炎病例的绝大多数。细菌感染包括产气荚膜梭菌和沙门氏菌感染，这些病原体释放毒素破坏肠道黏膜，引起腹泻和炎症。而生理上的免疫屏障如胃酸、粘膜屏障对新生儿起到的保护作用有限，母乳不足或早产等因素会进一步削弱这种屏障。错误喂养如奶液过浓会使新生儿的肠胃消化负担增加，肠粘膜受损，为病原体入侵创造了机会。而外来器械如喂养管，也可能因操作不当引入感染源。外部环境因素如奶瓶清洗不规范、不良的卫生习惯等，也会为病原体提供传播途径。
感染因子是核心病因，其中病毒感染最为常见，尤其是轮状病毒，占新生儿肠炎病例的绝大多数。细菌感染包括产气荚膜梭菌和沙门氏菌感染，这些病原体释放毒素破坏肠道黏膜，引起腹泻和炎症。而生理上的免疫屏障如胃酸、粘膜屏障对新生儿起到的保护作用有限，母乳不足或早产等因素会进一步削弱这种屏障。错误喂养如奶液过浓会使新生儿的肠胃消化负担增加，肠粘膜受损，为病原体入侵创造了机会。而外来器械如喂养管，也可能因操作不当引入感染源。外部环境因素如奶瓶清洗不规范、不良的卫生习惯等，也会为病原体提供传播途径。
